Η Σαμοθράκη είναι πλούσια σε νερά, εκατοντάδες μικρά ρυάκια και ποταμάκια, με γάργαρο νερό που έρχεται από το Όρος Σάος, κυλούν ορμητικά προς τη θάλασσα. Πλήθος πηγών, οι οποίες κατεβαίνοντας ακτινωτά από το βουνό σχηματίζουν κλιμακωτά καταρράκτες και τις περίφημες «Βάθρες». Φημισμένη είναι η βάθρα του ποταμού Τσιβδογιάννη. 

Κοντά στα Θέρμα είναι «η γριά Βάθρα», από όπου ξεκινά και η ανάβαση στο Όρος Φεγγάρι. Τα μικρά και μεγάλα ρυάκια σχηματίζουν επίσης πολλούς καταρράκτες, το μεγαλύτερο ρέμα του νησιού είναι ο «Φονιάς» με ψηλότερο καταρράκτη του την «Κλείδωση» ύψους 35 μέτρων. Άλλοι καταρράκτες είναι: της «Κακιάς Πλακάς», της «Καριάς» κ.α.

Όμορφους καταρράκτες προσφέρουν ακόμη και τα ρυάκια του Ξεροποτάμου, του Καραγιαννάκη, ο Κρεμαστός, το Γυαλί, ο Άγκιστρος, της Πλατιάς και του Αράπη.